2000年4月我院设立发热门诊，诊室常年开放，由门诊办负责管理，按传染病管理科室相关要求执行。2019年12月我国爆发新冠肺炎疫情，发热门诊暂时搬至健康管理中心共同管理抗击疫情。2020年9月，按照国家相关文件的规定，发热门诊需单独设科由业务副院长提级管理，原健康管理中心副主任医师陈芳经院内竞聘任冷水滩院区发热门诊科负责人。至此我院成立单独的发热门诊科，包括发热门诊、肠道门诊、门诊预检分诊，后根据需要开设核酸检测门诊，主要承担新冠疫情一线工作及其他呼吸道、肠道传染病的监测和诊疗工作。2025年3月两院区发热门诊科统一管理，由陈芳主任医师担任专科主任，兼互联网医院负责人。

冷水滩院区发热门诊位于冷水滩院区门诊负一楼门诊广场下方，电话07468861037，零陵院区发热门诊位于零陵院区综合楼旁边，电话07468821019。